1、未建立合同纠纷处理的有效机制，纠纷处理不当，导致单位利益受损；
2、未收集充分的对方违约行为的证据，导致单位在纠纷处理过程中处于举证不力的地位；
3、为按照合同约定追究对方的违约责任，可能导致单位应享有的利益受损。
行政事业单位对于发生的合同纠纷，应当明确合同纠纷的处理方式及相关审批权限和处理责任，纠纷处理过程中，未经批准，相关经办人员不能做出实质性的答复或承诺。