软件著作权申请通过后是可申请抵扣增值税。根据相关法律规定,销售其自行开发生产的软件产品的增值税一般纳税人,销售其自行开发生产的软件产品,按17%税率征收增值税后,对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。