1、法律适用方面的差异。审理“医疗事故损害赔偿”案件适用《医疗事故处理条例》及相关的法规文件，主要从医疗行政层面进行处理;而审理“医疗人身损害赔偿”案件则要适用《民法典》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，主要从民事侵权赔偿责任层面进行处理。
2、鉴定类别方面的差异。“医疗事故损害赔偿”案件，一律需要医疗事故技术鉴定，必须委托医学会组织专家组进行医疗事故技术鉴定，这是一种硬性要求;而“医疗人身损害赔偿”案件对司法鉴定没有硬性要求，当事人可以自由选择是否可以进行司法鉴定。
3、赔偿项目方面的差异。“医疗事故损害赔偿”的赔偿项目包括医疗费、伙食补助费，伤残损害赔偿金等11项，但没有“死亡赔偿金”。而一般医疗人身损害赔偿包括12项，与“医疗事故损害赔偿”相比，增加了“死亡赔偿金”这一项目。